Une audacieuse opération a permis aux jeunes Thomas, Newt et Frypan de libérer plusieurs des leurs, avant qu'ils ne servent de cobayes dans la recherche d'un remède au virus qui a transformé la population mondiale en monstres meurtriers. Ils n'ont cependant pas pu sauver leur ami Min-Ho, acheminé séparément au siège social de la puissante compagnie qui finance les recherches, situé au coeur d'une lointaine ville fortifiée à l'abri du virus. Grâce à un charismatique chef de guerre et un allié inattendu, Thomas et ses camarades pénètrent dans la ville interdite et entreprennent de libérer Min-Ho des griffes de l'ambitieuse Ava Paige et de son adjointe Teresa, traîtresse à la cause rebelle.